Azərbaycan Tibb Universitetinin Elmi Şurası Ali Kollegial idarəetmə orqanı olmaqla rektor (sədr), tədris işləri üzrə prorektor (sədr müavini), digər prorektorlar, elmi katib, fakültə dekanları, struktur bölmələrin rəhbərləri, həmkarlar ittifaqı komitəsinin sədri, tələbə və əməkdaşlarından ibarət təşkil edilir. Elmi Şuranın digər üzvləri fakültə əməkdaşlarının ümumi yığıncağında gizli səs vermə yolu ilə seçilir və tərkibi universitetin rektoru tərəfindən təsdiq edilir. Elmi Şuranın tərkibi 120 nəfərdən artıq olmamalıdır. Elmi Şuranın iclasları ildə 6 dəfədən az olmayaraq keçirilir. Elmi Şura ATU-nun "Nizamnamə"sinin dəyişdirmək, ona əlavələr etmək, Universitetin perspektiv inkişaf istiqamətlərini təyin etmək, tədris, elmi fəaliyyət, beynəlxalq əməkdaşlıq və digər mühüm məsələlərini müəyyən etmək səlahiyyətinə malikdir. O vaxtaşırı olaraq universitetin tədris və elmi-tədqiqat işlərinin planlarını təsdiq edir, fakültələrin, kafedraların və digər struktur bölmələrinin hesabatlarını dinləyir. Azərbaycan Respublikasının Dövlət Mükafatını almağa, Azərbaycan Respublikası Milli Elmlər Akademiyasının tərkibinə seçilməyə namizədlər irəli sürür. Elmi Şura mütəmadi olaraq kafedralara professor, kafedra müdiri, şöbə müdiri vəzifələrinə müsabiqə yolu ilə seçki keçirir, professor və dosent elmi adları almaq üçün təqdim olunmuş işləri nəzərdən keçirir və müəyyən olunmuş qaydada elmi ad təsdiq olunmağa təqdim edir. Elmi Şuranın cari fəaliyyətini Elmi Şuranın öz üzvləri içərisindən seçdiyi elmi katib təmin edir. Elmi Şura tədris ili və hər iki semestr üçün nəzərdə tutulmuş və təsdiq olunmuş plan üzrə işləyir, bu planlar şurada müzakirə edilərək rektor tərəfindən təsdiq edilir. Elmi Şurada ATU-da təsis edilmiş təqaüdlər və fəxri adlar verilir.
     Hal-hazırda Azərbaycan Tibb Universiteti Elmi Şurasının 105 üzvü vardır. Elmi Şuranın sədri Universitetin rektoru akademik Ə.T.Əmiraslanov, elmi katib professor İ.İ.İsayevdir.
     ATU-nun elmi katibi, tibb elmləri doktoru, professor İbrahim İsa oğlu İsayev 1978-ci ildə ATU-nun pediatriya fkültəsini bitirib, sonrakı illərdə Bakı şəhərinin müalicə müəssisələrində həkim-pediatr kimi fəaliyyət göstərmişdir. 1983-cü ildə ATU-nun uşaq xəstəliklərinin propedevtikası kafedrasında aspiranturaya daxil olmuşdur. 1987-ci ildə namizədlik, 1995-ci ildə isə doktorluq dissertasiyasını müdafiə etmişdir. Dissertasiyasını müdafiə etmişdir. Hazırda uşaq xəstəliklərinin propedevtikası kafedrasının müdiridir. Apardığı elmi işlər əsasən uşaq kardiorevmatologiyasının aktual problemlərinə həsr edilmişdir. Onun rəhbərliyi altında "Ürək ritminin pozğunluğu olan uşaqlarda miokardın və kardiohemodinamikanın vəziyyəti" mövzusunda yerinə yetirilən elmi-tədqiqat işlərinin nəticəsi respublikamızda və bir çox xarici ölkə elmi konfranslarında məruzə edilmiş və jurnallarda dərc edilmişdir. O, 120-dən çox elmi işin, 3 ixtiranın, 2 səmərələşdirici təklifin müəllifidir. Onun tərəfindən ilk dəfə olaraq Azərbaycan dilində "Uşaq xəstəliklərinin propedevtikası" dərsliyi, "Sağlam uşaqların qidalanması", "Uşaqlarda xəstəlik tarixinin yazılması" və s. kimi dərs vəsaiti yazılmışdır. Rəhbərliyi altında 3 namizədlik dissertasiya işi müdafiə edilmiş, 4 namizədlik dissertasiya işi isə yerinə yetirilir. Azərbaycan Revmatoqlar Assosiasiyasının, türkdilli ölkələrin Pediatriya Assosiasiyasının, Rusiya Federasiyası Uşaq Revatoloqlar Assosiasiyasının, ATU-da ixtisaslaşdırılmış Dissertasiya Şurasının üzvüdür, AMEA-nın elmi-tədqiqat işlərinin əlaqələndirmə komissiyasının tibb şöbəsinin elmi katibidir. Respublikanın "Əməkdar həkimi"dir. 2000-ci ildən Universitetin elmi katibi vəzifəsində çalışır.